Het syndroom ontstaat doordat de baby hard door elkaar geschud wordt.

Het hoofdje van de baby is ten opzichte van de rest van het lichaam groot en zwaar en de nekspieren zijn nog niet sterk genoeg om het hoofdje rechtop te houden.
Als een baby geschud wordt, gaat het hoofdje met veel kracht heen en weer. Door het schudden worden de hersenen tegen de schedel gedrukt. Dit kan er voor zorgen dat er blijvende schade ontstaat aan de hersenen, bloedvaten en zenuwen, dit kan zelfs de dood tot gevolg hebben.

De belangrijkste redenen waarom ouders hun jonge kinderen door elkaar schudden is een aanhoudende stresssituatie.